هى أعلى درجات السلم القضائي وتحظى أحكامها بالنهائية وهى تضم 70 قاضيا وتعمل من خلال دوائر وتتكون كل دائرة من ثلاثة قضاة يرأس اقدمهم الدائرة وذلك للنظر فى الطعون ضد اأحكام محاكم الاستئناف الجنائية والمدنية والاحوال الشخصية وتصدر قراراتها بالاغلبية . لا تخضع اأحكام المحكمة العليا للمراجعة ولكن يجوز لرئيس القضاء اذا راى ان الحكم ربما انطوى على مخالفة لاحكام الشريعة الاسلامية ان يكون دائرة من خمسة قضاة للمراجعة من بينهم قاضيان ممن اشتركوا فى اصدار الحكم .

وللمحكمة العليا اختصاص ابتدائى من قاض فرد للنظر فى الطعون الإدارية  ضد القرارات الصادرة من رئيس الجمهورية او الولاة او الوزراء الاتحاديين او الإقليميين  وتنظرا لاستئناف لتلك الاحكام دائرة من ثلاث قضاة من المحكمة العليا . يتم  تعيين أعضاء المحكمة من بين قضاة الاستئناف او غيرهم ممن تنطبق عليهم الشروط بقرار يصدره رئيس الجمهورية بعد توصية مجلس القضاء العالي  . وهنالك اربعة دوائر لهذه المحاكم تعمل خارج العاصمة فى الولايات الغربية والوسطى والشرقية.

        يبلغ عدد قضاة الاستئناف بالسودان 130 قاضيا وهى تعمل كذلك فى شكل دوائر ، كل دائرة من ثلاث قضاءة وتصدر قرارتها بالاغلبية ، وتختص بالنظر فى الاستئنافات المقدمة ضد قرارات المحاكم العامة والابتدائية والاستئنافية والاحكام الابتدائية الصادرة من قضاة الدرجة الاولى فى المسائل المدنية والجنائية و الاحوال الشخصية ، كما ينعقد لها الاختصاص فى مراجعة احكامها حسب ما رسمه لها القانون و لها اختصاص ابتدائى من قاضى فرد فى كل ولاية للنظر فى الطعون الادارية النهائية الصادرة من اللجان و الادارة .... الخ وهذه المحاكم موزعة على الولايات المختلفة البالغ عددها 28 ولاية .

        وهى محكمة قاض فرد يحدد القانون اختصاصها الابتدائى فى نظر الدعاوى المدنية و الجنائية و الاحوال الشخصية و لها استثنائية انظر القرارت الصادرة من محاكم المدن و الارياف ويبلغ عدد قضاتها بالسودان 133 قاضياً.

  هى محاكم ابتدائية منتشرة فى كل بقاع السودان ويبلغ عددها 397 محكمة و تمارس صلاحياتها وفق اختصاصها المبين فى قانون الاجراءات المدنية لسنة 1983م وقانون الاجراءات الجنائية لسنــة 1991م ويحدد رئيس لبقضاء بقرار من سلطاتها المالية فى نظرالدعاوى المدنية و كذلك سلطاتها فى توقيع العقوبات الجنائية بالنسبة للغرامة اذا كانت تنظر فى الدعوة ايجازيا او بطريق غير إيجازي.

      وهى محاكم شعبية يتم تعيين قضاتها من بين المواطنين ذوى السمعة الطيبة و السلوك القويم ومن الشخصيات البارزة فى المجتمع ومن ميسورى الحال . وفى المناطق الريفية تكون عضويتها ورئاستها من زعماء القبائل و العشائر و العمد و المشائخ و النظار واهم ما يميز هذه المحاكم انها تطبق العرف الذى لا يتعارض مع القانون او النظام العام وتمارس صلاحياتها فى الصلح و التو فيق وفض النزاع حول الحدود ومناطق الرعى و المياه و الزراعة ويحدد رئيس القضاة اختصاصات هذه المحاكم و صلاحياتها بموجب أوامر تأسيس يصدرها لهذا الغرض  ، ويبلغ عدد محاكم المدن 98 محكمة وعدد المحاكم الوسطى 67 محكمة وعدد المحاكم الريفية 897 محكمة ومجموع كل هذه المحاكم بالسودان 1062 محكمة ، وهى منتشرة فى مناطق الريف النائية  وغالبا فى تلك المناطق التي تخلو من المحاكم الجزئية. اما محاكم  المدن فانه يظهر من تسميتها انها محاكم فى المدن و ليست فى الريف ، وهى تنظر فى المنازعات ذات الطبيعة البسيطة التى يحولها لها القاضى المختص فى المنطقة .